一、图案

上半环是高研院的中文名称：中国科学院上海高等研究院；下半环是高研院的英文名称：SHANGHAI ADVANCED RESEARCH INSTITUTE，CAS （CAS是中国科学院的英文名称的缩写）。

下半环是六个晶体组成的一个物质结构图案（象征数学、物理、化学、天文、地学、生物六大学科融汇和结合的基础作用），延续了中国科学院院徽的元素，清晰地表明了上海高等研究院与中国科学院的血缘关系。

院徽中心的图案是上海市市花--白玉兰，代表上海高等研究院是中国科学院与上海市合作共建的国立科研机构。

二、颜色

孔雀蓝色与院徽颜色一脉相承。