中国科学院上海高等研究院（筹）是根据2008(冬季)中国科学院党组(扩大）会议纪要和中国科学院—上海市院市合作协议精神，由中国科学院与上海市人民政府共建的，依照中国科学院有关新建科研事业法人单元模式进行管理的科研机构。

2009年8月25日，中国科学院副院长江绵恒，上海市市委常委、浦东新区区委书记徐麟共同为中国科学院上海高等研究院（筹）揭牌，研究院入驻张江高科技园区。

2010年12月26日，正式入驻中国科学院上海浦东科技园。

2012年11月27日，中国科学院上海高等研究院通过验收并举行揭牌仪式。 

2017年3月，中科院与上海市围绕建设具有全球影响力的科技创新中心签订了深化合作的补充协议，明确依托高研院筹建国家实验室。 

2017年9月26日，张江实验室在高研院挂牌成立。