2016年3月，国家发展改革委、科技部同意上海以张江地区为核心承载区建设综合性国家科学中心，作为上海加快建设具有全球影响力的科技创新中心的关键举措和核心任务，构建代表世界先进水平的重大科技基础设施群。建立世界一流重大科技基础设施集群位列张江综合性国家科学中心四大重要建设任务首位。

为有效形成合力，促进张江地区大科学装置集群的建设和运行，产出丰硕成果，承担相应大科学装置建设与运行任务的4家法人单位中科院上海高等研究院、上海科技大学、中科院上海光机所和中科院上海应物所等达成共识，在张江综合性国家科学中心办公室领导下，依托中科院上海高研院于2019年9月成立“大科学装置管理中心”。

大科学装置管理中心在张江先进光子大科学装置集群建设指挥部领导下，承担指挥部办公室职责，开展跨法人、跨项目的管理协调工作，负责6大装置、11个项目（累计总投资近200亿元）的建设、运行和综合管理，积极探索大科学装置集群化管理新模式。

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